Przypuszcza się, że pierwotna nazwa góry lub konkretnego odcinka grzbietu, używana przez miejscową ludność, brzmiała „Błotny”. W 1571r. wymieniona została w niemieckich dokumentach jako „Berg Blatin”, później nazwa pojawiła się w pismach czeskich jako „Blatny” lub „Blatna”. Na austriackich mapach z początku wieku szczyt oznaczony został jako „Blatny”. Po I wojnie światowej na dobre ustaliła się na długo nazwa „Błatnia”, gwarowo „Błatnio”.

Tutejsi Górale od najdawniejszych lat trudnili się gospodarką rolną w dolinach i szałaśnictwem pasterskim na stokach i grzbietach górskich. Oprócz tego zajmowali się również wypalaniem węgla drzewnego w lasach bukowych, a od XVII wieku – także hutnictwem (czynna tu była huta szkła). Wierzchołek, grzbiety w jego rejonie oraz południowe stoki opadające ku dolinie Chrobaczego Potoku w Brennej pokrywa ciąg polan, które do II wojny światowej były centrum gospodarki pasterskiej.

Powstanie Schroniska na Błatniej datuje się na rok 1926, gdy niemieckie Towarzystwo Przyjaciół Przyrody „Naturfreunde” z Aleksandrowic wybudowało w tym miejscu drewniane schronisko, które w szybkim czasie zyskało sporą popularność i stało się najczęściej odwiedzanym schroniskiem w okolicy. Tereny te wzbudziły zainteresowanie Polaków, gdyż przebiegały tędy szlaki na Klimczok i Szyndzielnię. W 1930; roku; Bielskie Koło Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego chcąc wybudować konkurencyjne schronisko, zakupiło parcelę w pobliżu szczytu. Ze względu na kłopoty finansowe organizacji oraz zaangażowanie się w budowę obiektu w Zwardoniu sprawiły, że przedsięwzięcia nigdy nie zrealizowano.

W czasie II wojny światowej Schronisko zostało zajęte przez wojska niemieckie. Pod koniec Zimą 1944/45, już pod koniec działań wojennych, niemieccy żołnierze zdewastowali budynek, by wykorzystać materiał z jego rozbiórki do budowy pobliskich umocnień polowych. Po II wojnie światowej zniszczone schronisko przejęło PTT, które zajęło się jego odbudową (w tym celu wykorzystano m.in. materiały z budynku; gospodarczego). Ponowne otwarcie obiektu nastąpiło już w sierpniu 1945.

W latach 1959-1962 trwał proces rozbudowy schroniska, już pod opieką cieszyńskiego oddziału PTTK. Kolejny duży remont miał miejsce w latach; 1965-1968, gdy powstała obecna jadalnia, zmodernizowano kuchnię i sanitariaty, doprowadzono energię elektryczną oraz zainstalowano; centralne ogrzewanie. Obiekt przykryto wówczas także nowym dachem.

Niedaleko schroniska na Błatniej, pod Wielką Cisową, istniała też chatka studencka, która w wyniku pożaru w latach 90. XX w. uległa całkowitemu zniszczeniu. Dzisiaj w pobliżu tego miejsca znajduje się Rancho Błatnia. 

Aktualny dzierżawca systematycznie modernizuje schronisko. W ostatnich latach dokonano kilku istotnych ulepszeń, w tym budowy czterech łazienek na korytarzach oraz czterech łazienek w pokojach. Ponadto, przeprowadzono remont pomieszczeń na parterze oraz stworzono dodatkową salę, dedykowaną zarówno grupom, jak i dzieciom.